أمر المستشار طلعت عبدالله النائب العام، بإحالة البلاغ المقدم من رمضان عبد الحميد الأقصري، مدير مكتب منظمة الضمير العالمي لحقوق الإنسان بمصر، ضد خيرت الشاطر، وحسن مالك، إلى نيابة أمن الدولة العليا للتحقيق، والذى طالب فيه مقدم البلاغ بإرجاعهما لمحبسيهما، والتحقيق معهما في حكم القضية رقم 2 لسنة 2007 جنيات عسكرية المعروفة إعلاميًا باسم ''ميليشات الأزهر''.
وقد أوضح الاقصري في بلاغه الذي حمل رقم 1004 ، أن القضية جاءت على خلفية العرض الذي أقامه طلاب الإخوان في جامعة الازهر عام 2006 ، وهم يرتدون أقنعة سوداء وملابس سوداء قريبة الشبة بالملابس العسكرية، وأحيلت إلى القضاء العسكري.
وصدر الحكم في 15 أبريل 2008 بالسجن على خمسة متهمين لمدة 5 سنوات وسجن 13 متهما لمدة 3 سنوات، من بينهم الدكتور محمد علي بشر عضو مكتب الارشاد، ووزير التنمية الإدارية، كما قضت المحكمة بالسجن 5 قيادات إخوانية لمدة 10 سنوات ، ومحاكمة خيرت الشاطر النائب الاول لمرشد الإخوان المسلمين وحسن مالك القيادي الاخواني البارز بالسجن 7 سنوات، فيما برأت 15 متهمًا آخرين.
وأضاف أنه كان يجب أن يظل خيرت الشاطر وحسن مالك مسجونين حتي 14 ديسمبر 2013 ولكن الذي حدث أن المشير حسين طنطاوي بصفته رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة أصدر قرارًا بالعفو الصحي عن خيرت الشاطر وحسن مالك ووقتها كان قد قضيا من العقوبة 4 سنوات وشهرين و 18 يومًا فقط فحسب المادة 36 من قانون تنظيم السجون رقم 396 لسنة 1956 والمادة 486 من قانون الاجراءات الجنائية.
كما اضاف إن الإفراج الصحي عن أي مسجون يتطلب السير في سلسلة اجراءات طويلة، تبدأ بإبلاغ مأمور السجن بأن السجين مصاب بمرض يهدد حياته بالخطر أو يعجزا عجزًا كليًا، وبعدها يبلغ مأمور السجن وزارة الداخلية التي تبلغ بدورها النائب العام، وعندها يشكل النائب العام لجنة من الطب الشرعي للكشف عن السجين ، فاذا قال طبيب الطب الشرعي أن بقاء السجين داخل محبسه سيؤدي إلى موته أو إصابته بعجز كلي، يعرض الأمر على مدير عام السجون والنائب العام ويوجه الإدارة لا تخاذ قرار بشأن الإفراج الصحي عن السجين.